Ao Conselho Científico compete a gestão científica do ISEL. Funciona em Plenário, em Comissão Coordenadora e em Comissões Eventuais.

De acordo com a lei nº. 1/2003 de 6 de Janeiro, é composto pelos mestres, doutores e professores aprovados em concursos de provas públicas.

• Comissão Coordenadora do Conselho Científico
  
  
• Composição do Conselho Científico

• Regimento do Conselho Científico