O ISEL conta atualmente com unidades de investigação e desenvolvimento em diferentes áreas do conhecimento que possibilitam uma pronta resposta aos mais diversos desafios da sua empresa e da sociedade.
- CCISEL - Centro de Cálculo
- CEDET - Centro de Estudos e Desenvolvimento de Electrónica e Telecomunicações
- CEEC - Centro de Estudos de Engenharia Civil
- CEEI - Centro de Electrotecnia e Electrónica Industrial
- CEEM - Centro de Estudos de Engenharia Mecânica
- CEEQ - Centro de Estudos de Engenharia Química
- CF - Centro de Física
- CIC - Centro de Instrumentação e Controlo
- CIEQB - Centro de Investigação de Engenharia Química e Biotecnologia
- CIMOSM – Centro de Investigação em Modelação e Optimização de Sistemas Multifuncionais
- CIPROMEC - Centro de Investigação e Projecto em Controlo e Aplicação de Máquinas Eléctricas
- CM - Centro de Matemática
- GIAMOS - Grupo de Investigação Aplicada em Microelectrónica, Optoelectrónica e Sensores
- GIATSI - Grupo de Investigação Aplicada em Tecnologias e Sistemas de Informação
- GIEST - Grupo de Investigação em Electrónica de Sistemas e de Telecomunicações
- GIA2P2 - Grupo de Investigação em Aplicações Avançadas de Potência Pulsada
- GiSE - Grupo de Investigação em Sistemas de Energia
- GuIAA - Grupo de Investigação em Ambientes Autónomos
- GRC - Grupo de Redes de Comunicação
- FIT - Future Internet Technologies
- LCEC - Low Carbon Energy Conversion R&D Group
- M2A - Grupo de Multimédia e Aprendizagem Automática
- UnIRE - Unit for Innovation and Research in Engineering