O Serviço de Gestão Financeira exerce a sua atividade no âmbito da gestão e administração financeira, económica e do património. Compreendendo os seguintes núcleos:
Núcleo de Aprovisionamento e Património (NAP), ao qual compete:
- Organizar e manter atualizado o inventário dos bens e imóveis do ISEL;
 - Assegurar a gestão dos materiais de consumo corrente em armazém;
 - Garantir a tramitação de todos os processos de contratação pública de empreitadas e de aquisição de bens e serviços.
 
Núcleo de Orçamento e Contabilidade (NOC), ao qual compete:
- Preparar o orçamento e acompanhar a execução orçamental;
 - Assegurar o controlo e registo contabilístico da receita e da despesa;
 - Elaborar, organizar e apresentar a prestação de contas periódica às entidades oficiais de acordo com a legislação em vigor;
 - Organizar as reconciliações bancárias com as operações de Tesouraria.
 
Núcleo de Tesouraria (NT), ao qual compete:
- Arrecadar e controlar a receita cobrada;
 - Emitir os meios de pagamento a fornecedores e outros credores;
 - Efetuar o registo de movimentos de operações bancárias;
 - Elaborar as folhas de caixa e de depósitos;
 - Gerir o fundo de maneio de tesouraria;
 - Acompanhar a recuperação de dívida e instruir os processos dos estudantes devedores e as certidões de dívida.
 
Equipa:
- Sónia Ferreira (dirigente do NAP)
 - Ana Cristina Ribeiro (NAP)
 - Fernando Bettencourt (NAP)
 - Márcia Afonso (NAP)
 - Otília Donas (NAP)
 - Daniela Albuquerque (NOC)
 - Luís Pinheiro (NOC)
 - Maria Helena Santos (NOC)
 - Carla Aires (dirigente do NT)
 - Maísa Nunes (NT)
 - Marta Lemos (NT)
 - Paulo Martins (NT)
 - Sofia Soares (NT)